Primeiro, eu diria, não tente clonar nada, não tente salvar a unidade em que seu sistema operacional atual está instalado. Copie os dados que você deseja manter na janela da unidade não está usando no momento e, em seguida, você pode formatar com segurança a primeira unidade sem perda de dados. Em seguida, você pode simplesmente reinstalar as janelas no SSD e apresentar as unidades de 1 TB para as janelas como armazenamento normal. Esse é de longe o caminho mais limpo a seguir.
Se o método acima não atender às suas necessidades, você deve instalar o novo SSD e executar o instalador do Windows, selecionando sua nova unidade como o ponto de instalação. Isso realmente lhe dará uma instalação limpa, ao tentar clonar algumas partes de sua unidade antiga, mas deixará a instalação antiga do Windows na unidade antiga. Depois que o Windows for instalado na nova unidade, você poderá entrar e limpar a antiga pasta do Windows da unidade antiga e estará pronto.
Para ser mais cauteloso, você pode desconectar suas unidades antigas durante a instalação do Windows. Isso garantirá que as unidades / dados não sejam afetados pelo instalador. Se você seguir esse caminho, provavelmente precisará verificar se a ordem de inicialização da BIOS está correta para garantir que esteja inicializando o SSD, não o disco atual do Windows.