O BitLocker (que eu sugeriria se estivesse usando o Windows, especialmente se a sua máquina tiver um TPM, mas que é quase inutilizável no Linux) ou VeraCrypt (utilizável com todos os SOs) funcionará bem. Outros softwares, como o dm-crypt / LUKS, também devem ser opções viáveis (embora eu tenha menos certeza se ele pode ser aplicado a discos já em uso)
Não há motivo para dividir o particionamento, a menos que você esteja usando um sistema que não suporta discos GPT, o que é razoavelmente seguro dizer que você não está. A maioria das ferramentas de criptografia de volume total - certamente ambas as que eu recomendei acima - suportam a execução da criptografia enquanto o disco está em uso. Os dados não serão totalmente protegidos até que a criptografia seja concluída, é claro, mas isso é verdade para qualquer sistema criptográfico que precise trabalhar com dados em tempo real.