É improvável que o HDD cause danos. Não há nada destrutivo sobre a leitura de um disco rígido morto, exceto para os dados no disco rígido. Dito isto, o BIOS pode fazer uma varredura de unidades durante o POST e engasgar com o HDD suspeito, daí a tela em branco. O Windows também tentará fazer todos os tipos de escritas automaticamente para manter coisas como bancos de dados de pesquisa e indexação, a menos que você consiga desativar tudo isso. Isso provavelmente explica por que você recebeu a mensagem depois de uma hora.
Em última análise, o HDD suspeito provavelmente causará mais drama do que vale a pena. Se você realmente quiser mantê-lo, considere um gabinete USB externo e monte-o somente depois que o Windows for inicializado.