Se alguém está tropeçando nisso, eu encontrei algumas informações para a minha pergunta.
Parece ser um problema contínuo com o VirtualBox quando o 3D Acceleration está habilitado. Para mim, Atom sempre acionou o travamento no Linux Mint e procurar por esse problema com Atom me levou a descer um buraco de coelho mais profundo. Aqui estão mais algumas fontes sobre o bug.
Parece que a solução é desativar o 3D Acceleration no VirtualBox ou fazer downgrade do Guest Additions para a versão 5.0.16.