As configurações do aplicativo de alarme são armazenadas em \Users\<user>\AppData\Local\Packages\Microsoft.WindowsAlarms_8wekyb3d8bbwe\LocalState\Alarms\
no arquivo Alarms.json (formato JSON condensado).
Quando adicionei uma entrada ao Alarms.json manualmente e, em seguida, abri o aplicativo Alarms via link de shell ( explorer.exe shell:Appsfolder\Microsoft.WindowsAlarms_8wekyb3d8bbwe!App
), a nova entrada de Alarme apareceu.
Não tenho certeza se isso responde exatamente à sua pergunta, já que você teria que fazer o script do trabalho manual que fiz com o arquivo, mas é possível seguir as etapas aqui.
Espero que ajude!
EDIT: Releia sua pergunta e notou que você deseja criar um timer em vez de um alarme. Os cronômetros são armazenados no mesmo formato que os Alarmes no arquivo Timers.json sob um caminho semelhante \Users\<user>>\AppData\Local\Packages\Microsoft.WindowsAlarms_8wekyb3d8bbwe\LocalState\Timers\