Talvez seja um sacrilégio dizer, mas ainda tenho que ter uma boa experiência sustentada com o Compiz, em qualquer versão do Ubuntu que tentei desde 10.10 (incluindo 12.04).
Eu não experimentei o atraso do mouse que você descreveu, mas eu observei outros problemas, que são lentos, com bugs ou com falhas. Por exemplo, com mais de três aplicativos abertos (por exemplo, Inkscape, Thunderbird, Chromium, jEdit, Terminal Gnome), eu regularmente experimentei um intervalo consideravelmente variável ao alternar espaços de trabalho. A barra lateral do iniciador do Unity não consegue ocultar ou exibir. Isso não acontece imediatamente, mas depois de 2 ou 3 minutos de uso pesado, esses problemas aparecem aleatoriamente. Então o Compiz trava, reinicia e tudo bem novamente por alguns minutos.
Minha solução: volte para a interface Unity 2D ou Gnome (clássica).
Desde então, as coisas ficaram certas, e a metacity não falha, mas uma vez em uma lua azul.
Se você precisar dos efeitos que o Compiz oferece (que são bons!), então espero que alguém possa sugerir uma solução mais direta, em vez da minha solução alternativa.
Observe que estou usando o mesmo driver (nVidia) que você, com 256 MB de memória gráfica, 4 GB de RAM e uma máquina dual-core.