Embora isso dependa da sua placa-mãe, diga se a porta SATA 0 tem um modo de operação diferente da porta SATA 1 (ou qualquer porta que você tenha conectado), haveria uma diferença, mas provavelmente eles são todos do mesmo tipo e velocidade e a localização real da unidade conectada na placa-mãe não afetará o desempenho.
No entanto, no seu caso há uma diferença significativa, a sua placa-mãe, uma MSI Z77MA-G45, possui portas de velocidade diferentes, possui duas portas SATA-III (6Gbps) e quatro portas SATA-II (3Gbps). SATA1 e SATA2 são portas 6Gbps e SATA3-6 são portas 3Gbps. Na página 1-22 do manual do seu proprietário , ele mostra claramente as diferentes portas e velocidades.Normalmente, seria aconselhável ter seu dispositivo de inicialização no SATA1 (a primeira porta) e, em seguida, a unidade que você deseja que o acesso mais rápido, além da unidade de inicialização, seja conectado ao SATA2, pois são portas SATA-III (supondo que você tenha Unidades SATA-III), depois que as unidades pudessem ser conectadas a qualquer porta. Unidades ópticas não precisam ser conectadas a portas SATA-III, já que a maioria só suporta SATA-II.
A velocidade de inicialização, nesse caso, poderia muito bem estar relacionada a qual porta o disco rígido está conectado, mas exigiria mais informações para diagnosticar (esse não era realmente o ponto da sua pergunta).