A resposta curta é que você precisa não apenas de permissões no arquivo, mas de permissões no diretório que contém o arquivo. No UNIX clássico, um diretório é realmente um tipo especial de arquivo - um que contém ponteiros para os arquivos dentro dele. Então é por isso que você precisa escrever (w) acesso no diretório.
Neste caso, você precisaria alterar (ou ter um proprietário privilegiado alterado) as permissões em / usr / local / bin.