O Windows reconhecerá apenas a primeira partição em um disco removível. Portanto, se você deseja particionar um disco removível e usá-lo com o Windows, verifique se a primeira partição é a que o Windows usará. Partições posteriores podem ser usadas pelo Linux ou outros sistemas operacionais, inclusive para inicializar esses sistemas operacionais.
Infelizmente, não posso fornecer instruções passo-a-passo sobre como configurá-lo, pois nunca tentei fazer isso. Você pode adaptar as instruções usadas para preparar o disco para que a partição FAT ou NTFS compartilhada seja a primeira.