Algumas maneiras de fazer isso.
1 - Armazene as pastas / arquivos reais em um local diferente e crie um 'alias' para eles na sua área de trabalho (segure o comando option enquanto arrasta)
2 - Clique com o botão direito do mouse na pasta - Obter informações - ativar Bloqueado
3 - execute os arquivos como root, o que exigirá autenticação para excluir