Sim, é suposto que funcione assim.
Você pode facilmente superar isso alterando a primeira linha para
Host github github.com
O motivo é que todas as configurações que você faz para uma entrada Host
são correspondidas ao nome do host que você fornece na linha de comandos e só se aplicam a esse nome. Isso possibilita ter várias configurações para o mesmo nome de host, por exemplo, com chaves diferentes. Se não houver correspondência, a configuração padrão será usada.