Use um tipo de criptografia diferente, que criptografa arquivos & pastas. Como eCryptfs ou EncFS .
Eles são montados em uma pasta e só criptografam arquivos conforme necessário, de modo que quase nenhum espaço extra em disco é necessário, exceto alguns arquivos de configuração.
Tenho certeza de que o Windows também tem sua própria criptografia semelhante a diretório, ou acho que há portas do Windows acima.
Veja também o wiki Disk Encryption do arch linux, especialmente a seção Métodos disponíveis - arquivos empilhados vs dispositivo de bloco.
Você também pode tentar não permitir que esses usuários leiam essas pastas, se a unidade de rede oferecer suporte a usuários & permissões. Nenhum sistema de arquivos especial ou criptografia é necessário.