O EFS é transparente para os programas, ou seja, os dados são descriptografados em tempo real e, portanto, a ferramenta zip compacta esses dados sem nenhuma criptografia.
Supondo que você crie esse arquivo sem um local não criptografado, se você copiar o arquivo para o disco que não o suporta (por exemplo, flash FAT32 externo), nenhuma chave do EFS será necessária.