Você pode instalar unidades com especificações diferentes sem problemas.
- Diferentes fabricantes não têm efeito
- Diferentes velocidades de RPM, 5400 RPM vs 7200 RPM, farão com que a unidade RPM mais rápida tenha leitura & velocidades de gravação.
No entanto, se você decidir colocar um SSD em você quase certamente deseja instalar o Windows nessa unidade e formatar (Depois de fazer backups !!!) o HDD para usar como armazenamento para arquivos e menos comumente usado programas. Os tempos de inicialização e a usabilidade geral (tempos de acesso para arquivos, a velocidade na qual os programas são abertos etc.) também serão melhores.