Supondo que você tenha alguma necessidade continuada de duas partições (já que você está pensando em reformatar, obviamente você não está preservando os dados atualmente na unidade), eu recomendo reparticionar, porque é uma operação muito rápida (e muito destrutiva!) e garantirá a consistência - mas não acho que haja algum motivo importante para fazê-lo.
O único motivo para alterar o particionamento seria se as partições não estivessem atualmente alinhadas com limites de bloco, o que pode afetar o desempenho. Veja Como alinhar partições para melhor desempenho usando parted para mais.
Acho que não há como ajustar o alinhamento de duas partições adjacentes sem recriar as duas partições.
Usando parted
se você preferir uma solução de linha de comando ou o editor de partições da sua distribuição, se preferir uma solução de gui.