Se você não tiver ativado shadow volumes, você está bem. Esta mensagem é muito comum, porque a restauração do sistema é ativada por padrão e pode armazenar dados em outro lugar, no entanto, a menos que o USB esteja conectado o tempo todo, há uma pequena chance de que os dados estejam em outro lugar.
Eu vejo este aviso o tempo todo para USB e porque eu só conecto o USB para copiar arquivos e removê-lo, os arquivos nunca o fazem em outro lugar ...