Qualquer unidade decente recentemente criada, que deve incluir qualquer unidade 1-2T, terá a tecnologia SMART em que o próprio firmware da unidade remapeia blocos ruins para os bons de forma transparente para o host. Se você for capaz de detectar blocos defeituosos, a unidade já está em um regime de falhas, já que esgotou sua reserva de peças sobressalentes ruins, e você não deve usá-las. Em suma, não se preocupe com a verificação de blocos defeituosos. Isso não é mais uma coisa necessária.
Em vez disso, verifique se você está usando as ferramentas SMART relevantes para o (s) seu (s) SO (s) executar testes e relatar resultados e sinais de falha antes que ocorra uma falha catastrófica.
Se você deseja formatar a unidade para o FAT32, pode fazê-lo nativamente em um sistema Windows ou no Linux usando as ferramentas mkfs.vfat (ou possivelmente mkfs.msdos) para formatar os sistemas de arquivos. Claro, certifique-se de particionar a unidade primeiro - e use o particionamento de estilo GPT, a menos que você tenha uma razão convincente para não fazê-lo.