Algumas coisas estão erradas - aqui está uma sugestão de revisão:
[Desktop Entry]
Name=Home Folder
Comment=Open your personal folder
TryExec=nautilus
Exec=nautilus --no-desktop
Icon=user-home
Terminal=false
StartupNotify=true
Type=Application
Categories=GNOME;GTK;Core;
OnlyShowIn=GNOME;Unity
X-GNOME-Bugzilla-Bugzilla=GNOME
X-GNOME-Bugzilla-Product=nautilus
X-GNOME-Bugzilla-Component=general
X-Ubuntu-Gettext-Domain=nautilus
X-Ayatana-Desktop-Shortcuts=bin;Documents;Downloads;Pictures;Video;Music;UbuntuOne;src;
[bin Shortcut Group]
Name=bin
Exec=nautilus bin
TargetEnvironment=Unity
[Documents Shortcut Group]
Name=Documents
Exec=nautilus Documents
TargetEnvironment=Unity
[Downloads Shortcut Group]
Name=Downloads
Exec=nautilus Downloads
TargetEnvironment=Unity
[Pictures Shortcut Group]
Name=Pictures
Exec=nautilus Pictures
TargetEnvironment=Unity
[Video Shortcut Group]
Name=Video
Exec=nautilus Video
TargetEnvironment=Unity
[Music Shortcut Group]
Name=Music
Exec=nautilus Music
TargetEnvironment=Unity
[UbuntuOne Shortcut Group]
Name=Ubuntu One
Exec=nautilus "Ubuntu One"
TargetEnvironment=Unity
[src Shortcut Group]
Name=src
Exec=nautilus src
TargetEnvironment=Unity
Mudanças sugeridas:
- os nomes dos grupos (os bits entre os colchetes) não podem ter espaços
- Eu citei "Ubuntu One" - não tenho certeza se necessário, mas facilita a leitura.