Juntamente com o GNOME Keyring e o KWallet, o Chrome também tem um banco de dados não criptografado (baseado em SQLite) e o utiliza se o Keyring e o KWallet estiverem inutilizáveis. (Isto aparentemente inclui o chaveiro sendo apenas bloqueado ...)
Como você tem a sincronização ativada, o Chrome apenas baixa todas as senhas do syncserver novamente, desta vez armazenando-as no banco de dados interno.
Usar --password-store=gnome
pode evitar isso. (OTOH, a loja interna é muito mais rápida.)