Isso foi um pouco mais simples do que o esperado - bastou alterar o contexto do usuário antes de tentar iniciar o link.
Então, a resposta:
Etapa 1) Localize o arquivo * .lnk que inicia o aplicativo WinRT em questão (você pode criar um, se ele não existir, IIRC)
Etapa 2) Inicie o CMD.EXE como o usuário de destino usando "runas / user: DOMAIN \ USER2 cmd.exe"
Passo 3) Cd para o diretório que contém o arquivo .lnk, então simplesmente digite-o na linha de comando & aperte enter.