Sim, deveria ser seguro. Essas placas são por vezes referidas como "tampas de poeira" (ou "tampas de abertura"). Se você não tiver a placa coberta, há uma abertura maior que a poeira pode entrar no sistema. (Os fãs geralmente não estão apontados para os slots para explodir poeira nessa direção.) Também é grande o suficiente para que alguns bugs possam se infiltrar. É verdade que isso parece bastante improvável. No entanto, é mais provável do que se a capa ainda estivesse bloqueando o acesso.
Outra opção é simplesmente comprar qualquer placa de expansão ... talvez mais portas USB, ou uma placa de rede, e simplesmente cobrir o buraco que você fez. No entanto, se você não quiser fazer isso, eu não me preocuparia muito com isso. Muitos sistemas têm uma tampa de slot faltando.