Nesse caso, não é a #! -line que você deve alterar, mas o seu $PATH .
#!/usr/bin/env python3
Isso faz com que o interpretador python3 seja pesquisado nos diretórios listados na variável $PATH .
Se python3 estiver instalado em, por exemplo, $HOME/local/bin , então este diretório deve estar presente em $PATH antes de qualquer outro diretório que também possa conter um python3 intérprete, caso contrário uma será usada em vez da sua em $HOME/local/bin .
Então você precisa definir
PATH="$HOME/local/bin:$PATH"
Na linha de comando ou em um script de inicialização do shell ( ~/.bashrc , por exemplo). Usuários de C-shell fazem isso de maneira diferente ...
set path = ($HOME/local/bin $path)
Em geral, a #! -line identifica o interpretador para o script, ou seja, qual programa usar para analisar e executar o arquivo. Um script sed , por exemplo, pode usar #!/usr/bin/sed -f .