A única maneira é colocar as pastas de trabalho em um local que os dois computadores possam acessar. Em uma rede da empresa que pode ser uma pasta em um servidor de arquivos. Em uma pequena rede doméstica, talvez seja necessário compartilhar pastas entre computadores.
Você precisará de algum tipo de compartilhamento.
Editar após comentário: se a pasta de trabalho de saída tiver referências à pasta de trabalho de entrada, pelo menos a pessoa que executa a pasta de trabalho de saída terá acesso à pasta de trabalho de entrada. Se você não quiser, considere usar uma abordagem diferente, como um banco de dados com permissões de usuário diferentes, uma para entrada de dados e outra para relatório de dados. O Excel pode ser o front-end de entrada para dados armazenados em um banco de dados Access ou SQL, e o Excel também pode usar dados do Access ou do SQL como fonte de relatórios.