gedit
é provavelmente inteligente o suficiente para executar todas as janelas em um único processo. Então, quando você digita gedit
novamente, ele "se conecta" ao processo em execução, que abre uma nova janela.
Se você quiser fechar algumas janelas, tente wmctrl
.
wmctrl -l
lista as janelas. wmctrl -c <win_id>
permite fechar uma janela (como se você tivesse clicado no botão fechar).