Este código nunca será executado
scrolllock:: Pause
var := 29
F1:: MsgBox, %var%
porque você tenta definir uma variável entre teclas de atalho.
Uma variável deve ser definida na seção executável automática do script (parte superior do script, antes do primeiro retorno ou tecla de atalho)
; top of the script:
var := 29
return ; end of auto-execute section
scrolllock:: Pause
F1:: MsgBox, %var%
ou em uma tecla de atalho
scrolllock:: Pause
F1::
var := 29
MsgBox, %var%
return
ou em uma função.