O Banshee atualmente usa uma lista de permissões de extensão de arquivo para determinar quais arquivos ele pode importar. Isso é muito mais rápido porque o Banshee só precisa examinar o nome do arquivo, em vez de abrir cada arquivo e ler as informações do tipo MIME. Tem sido geralmente aceite que os arquivos sem uma extensão provavelmente devem ser verificados para ver se eles podem ser importados. Há um relatório de erros aberto para este problema , mas infelizmente não foi corrigido a tempo para Natty.
No seu caso, eu recomendo escrever um script para adicionar um nome de arquivo ao final de todos os seus arquivos (pelo que entendi, não precisaria ser preciso - apenas algo que o Banshee aceitaria, como .mp3), ou você precisará aguardar até que o Banshee possa abrir arquivos sem uma extensão. Espero que isso aconteça com o lançamento do Banshee 2.2 em setembro.