Por exemplo, com avconv
avconv -i inputfile.avi -c:v libx264 outputfile.mp4 # to change video coding
avconv -i InFile.avi -ss 00:12:34 -t 00:02:45.6 -c:v copy -c:a mp3 Out.avi
Com o primeiro você muda apenas a codificação de vídeo, com o segundo você muda apenas a codificação de áudio (e você extrai um pedaço de 2m45.6s a partir de 12m34s ...).
Você precisa ter instalado a biblioteca de codificadores que deseja usar.