Agora percebo que você está trabalhando com o Shapes. Você pode fazer isso da seguinte maneira:
CTRL + Left Click
da miniatura da camada da camada superior para selecioná-la.
CTRL + ALT + SHIFT + Left Click
da miniatura da camada da camada inferior para selecionar interseções:
CliquenacamadasuperiornovamenteecliqueemAddLayerMask
Espero que isso dê o resultado que você queria.