Na minha instalação, o Notepad ++ salva um backup abaixo do local
C:\Users\%USERPROFILE%\AppData\Roaming\Notepad++\backup\
Você pode encontrar isso em Configurações → Preferências → Backup & deve haver seu caminho de backup.
Se você não conseguir encontrá-lo, tente verificar o local que você salvou anteriormente (sua área de trabalho) com Recuva . Eu tive sucesso com a recuperação de arquivos com esse programa.