Use
ffmpeg -i video.mkv -i smiley.png \
-filter_complex "overlay=W-w-15:H-h-15,subtitles=video.mkv[v]" \
-map "[v]" -map 0:a video.mp4
O filtro de legendas funciona na saída produzida pelo filtro de sobreposição e, portanto, é separado por uma vírgula.