Eu acho que você só precisa fazer uma clonagem de partição / sistema de arquivos (em vez de uma clonagem de disco completo). Dessa forma, você pode simplesmente clonar a partição do sistema ( C: ) no disco GPT em uma partição de um novo disco "inicializado" do MBR.
Observação: execute mountvol /R na fonte (GPT) do Windows com a unidade de destino PARTITIONED DISCONNECTED antes de clonar, caso contrário, você obterá uma tela preta após o respingo de inicialização do Windows quando inicializar o Windows clonado.
ntfsclone do ntfs-3g no Linux é um utilitário de exemplo para fazer isso. Você provavelmente precisará reduzir a partição de origem primeiro (pode ser feito "online" com Disk Management no Windows) para que não seja maior do que a partição de destino (ou estenda o NTFS clonado para fazer com que ele utilize completamente a partição subjacente com ntfsresize incluído no mesmo pacote).
Em seguida, instale a "versão do BIOS" do Gerenciador de Inicialização do Windows e construa o BCD Store na mesma partição ou em uma partição separada (depende do Windows multi-boot ou BitLocker, acho) com o Windows% incorporadobcdboot , marque a partição de destino como active with diskpart e corrija o MBR e o setor de inicialização da partição com bootsect (provavelmente isso nem é necessário).
Em seguida, você pode fazer a clonagem de todo o disco com qualquer solução que preferir para produzir os clones restantes necessários.
P.S. Apenas testei isso no Hyper-V e funcionou.