Algo semelhante aconteceu comigo. Eu acho que o problema é que algumas das extensões são bugs e travar o shell. Eu não estou certo, mas acho que isso pode ser porque eles foram mal atualizados do gnome shell 3.0 (eu não sou muito de um especialista como você provavelmente pode dizer).
De qualquer forma, eu corri o problema fazendo o login no Unity (então eu consegui um desktop totalmente funcional) e então usando o synaptic para remover pacotes iniciando o "gnome-shell-extensions-" -
Tente remover primeiro o status do menu alternativo, que é reportado como buggy, até onde eu possa ver.