Você pode usar as soluções rsync
style (rsync, rsnapshot, rdiff-backup) ou um programa como Duplicity ou borg-backup .
A vantagem de fazer isso com ferramentas como Duplicity ou borg-backup é que você pode armazenar dezenas / centenas de snapshots na unidade de backup, o que permite recuperar vários pontos no tempo, em vez de apenas o último backup. (Tanto o Borg quanto o Duplicity são muito eficientes, sem criar muitos e muitos inodes / files. E os snapshots do Borg podem ser montados como um sistema de arquivos.)
Para meus backups, eu uso o Borg para gravar no diretório de backup via SSH, então eu uso o rsync para copiar os repositórios borg para as unidades USB criptografadas pelo LUKS que são rotacionadas para fora do local. Eu mantenho pelo menos um ano de snapshots no repositório borg, além de quaisquer snapshots manuais que eu criei.