Eu modifiquei esta resposta para ser uma função que você pode definir em seu ~/.bash_profile
e parece funcionar para arquivos ou pastas:
makecomment(){
osascript -e 'on run {f, c}' -e 'tell app "Finder" to set comment of (POSIX file f as alias) to c' -e end "$1" "$2"
}
USO:
makecomment foldername "My comment"