Pena que você não pode simplesmente tentar desconectá-lo e conectá-lo novamente em uma porta usb diferente. Se você não pode fisicamente fazer isso sozinho, talvez possa pedir a alguém que possa fazer isso por você. Talvez uma reinicialização esteja em ordem?
Qual sistema de arquivos e esquema de particionamento está / estava nele? A (s) partição (ões) ainda está logicamente intacta?
Além disso, se esse sistema não for uma VM em si, tentaria carregar uma VM nela, de preferência (obviamente) uma que ofereça suporte a comunicação física com hardware usb. Talvez inicie uma distro Linux fácil de usar, como fedora, no virtualbox (acho que suporta opções para acesso de VM a hardware usb atualmente). A partir daí, você pode tentar acessar a unidade, reunir mais informações e também executar uma infinidade de ferramentas adicionais de diagnóstico.
Adendo em resposta a sua atualização: Sua pergunta pressupõe que há algo sobre a unidade (ou suas partições e / ou o sistema de arquivos contido nela e o conteúdo dela) que está em necessidade de reparação. Se você realmente pode acessar os arquivos na unidade de dentro de sua VM linux neste sistema host, isso sugere para mim que a unidade e seu conteúdo provavelmente não são o problema aqui. Pode ser um bug de driver de dispositivo dentro do Windows, ou alguma interação estranha entre o firmware da unidade e o subsistema usb do Windows; contra uma parede de tijolos proprietária de qualquer maneira.
Dito isto, a maioria das distribuições linux, incluindo o Ubuntu, fornece um utilitário gui "Disks" (ui muito semelhante ao que você encontraria em um sistema macosx), e vários outros utilitários (principalmente baseados em linha de comando) que são numerosos demais para mencionar aqui.O que você pode fazer: alguns softwares de gerenciamento de virtualização permitem que você compartilhe arquivos diretamente entre o host e suas VMs, ou forneça alguma forma de acesso aos sistemas de arquivos da VM a partir do ambiente do host. Se isso não for uma opção, uma solução alternativa nesse ponto seria compartilhar o conteúdo da unidade via samba de dentro da VM e, em seguida, mapear uma conexão de unidade para esse caminho de compartilhamento de rede / unc a partir do ambiente host. Ou você pode habilitar o ssh dentro da VM e, em seguida, transferir arquivos através de um cliente sftp (como filezilla ou winscp ) no lado do host. Soa um pouco ridículo, eu sei, mas com base no que você está dizendo, você pode não ter outras opções. Conclusão: se tanto a VM quanto seu host puderem ver uns aos outros na rede, então, com a configuração apropriada, eles poderão compartilhar arquivos através das comunicações de rede. Desculpe por verbosidade, mas eu queria estar bem claro.