Você deve ser capaz de usar Find / Replace e escolher o formato da linha Summary ["Header2"?], e então substituí-lo por Summary + NEWsection + NEWSubsection.
Prepare a nova estrutura em um exemplo, copie-a e use Find / Replace, coloque o material copiado na Replace Box, (usando \ 1 para o resumo, se necessário) e o formato de Summary na Find Box. . certifique-se de ativar a pesquisa de formatação.
Eu não tentei este exemplo específico, mas fiz substituições semelhantes no passado, e eles correram bem. Não é uma atividade trivial, mas se você mexer um pouco, você deve fazê-lo funcionar.