Não é estritamente relacionado ao Ubuntu, mas você deseja LOAD DATA INFILE , cuja documentação pode ser encontrada em:
Provavelmente algo como ...
echo "LOAD DATA INFILE 'filename' INTO TABLE tblename;" | mysql -u root -p password dbname
Você também pode usar dbname.tblename e, em seguida, descartar dbname do comando mysql , eles serão equivalentes.