Vishal, citando o seu comentário:
I have just installed SFTP on both the servers and the SFTP endpoint is configured as a load balanced set on Azure under the same cloud service and availability set. However, when I use SFTP and upload a file it only uploads on one of the 2 servers and does not synchronise.
É exatamente assim que o balanceamento de carga funciona. O balanceamento de carga não está espelhando. O balanceamento de carga equilibrará a carga roteando algumas conexões de entrada para um dos seus servidores SFTP e algumas outras conexões de entrada para o outro servidor SFTP, mas cada conexão de cliente será manipulada por um e apenas um de seus servidores SFTP.
Agora, se o que você deseja alcançar é ter os mesmos dados (os mesmos arquivos) em ambos, o que você precisa é de algum tipo de replicação / espelhamento. Se você estiver executando um servidor SFTP que suporte scripts e manipulação de eventos, poderá escrever seus próprios scripts para copiar cada arquivo carregado para o outro servidor, à medida que forem recebidos por cada servidor.
Mas mesmo o acima não é a solução que eu recomendaria. A melhor solução seria que os dois servidores SFTP compartilhassem o mesmo armazenamento de back-end. Você pode fazer isso no Azure implantando seu próprio volume DFS e compartilhando-o com ambos os servidores SFTP, para que ambos realmente leiam / gravem de / para o mesmo volume.