Eu concordo com o Keltari. Eu acho que você está no ponto em que você identificou o problema, e talvez seja relacionado ao disco (como você mencionou o uso de 100%), mas você ainda precisa fazer um pouco mais de escavação para encontrar o culpado. Esta será uma exploração para encontrar o problema, por isso é difícil fornecer um passo a passo para onde ir. Eu recomendo rever todas as opções para identificar a causa da lentidão.
Veja algumas ferramentas, como as apresentadas aqui: link
Se for baseado em disco, ferramentas como lsof e iotop soam como um bom lugar para começar (supondo que top e ps não sejam capazes de ajudá-lo a encontrar a causa).