Uma maneira que descobri que funciona é baixar manualmente todo o diretório remoto para o diretório temporário local usando, por exemplo, o WinSCP.
Após o download de todos os arquivos, o NppFTP funciona exatamente como se eu tivesse selecionado o arquivo e abri-lo em sua interface, e carregá-lo quando eu salvar o arquivo no Notepad ++. Ele pesquisa o conteúdo e, se eu clicar em um resultado na caixa de diálogo "Localizar resultados", ele abrirá o arquivo para essa linha.