Isso é por design. Pense nisso - o ativo / inativo indica qual programa está recebendo entrada do teclado e do mouse, ou seja, qual é o programa ativo .
Eu sei que você tem dois monitores e você pode ver dois programas ao mesmo tempo - mas eu posso fazer o mesmo na minha tela, não posso? Eu posso redimensionar ambas as janelas para caber, ou posso executar duas pequenas janelas (digamos, dois aplicativos de calculadora) e elas não serão sobrepostas - mas, ainda assim, apenas uma pode estar ativa de cada vez. Por que deveria ser diferente só porque está em outro monitor?
Digamos que sejam ambos documentos de palavras. O que acontece quando você começa a digitar? Onde o texto deveria ir? Apenas uma janela pode estar ativa ao mesmo tempo, é por design. Eu posso entender se esta não é a resposta que você deseja ouvir, mas é a resposta correta neste caso.