Não há diferença - nem a extensão é definida para significar algo específico, e na maioria das vezes significam a mesma coisa.
Os certificados X.509 têm apenas um formato de armazenamento "principal", que é DER . Pode ser no entanto codificado em Base64 (também conhecido como PEM-codificado) ou não (DER bruto). Um arquivo .crt pode realmente ser .
Primeiro, dê uma olhada no conteúdo dos arquivos. Se eles começarem com " -----BEGIN CERTIFICATE ", você terá um arquivo DER codificado por PEM. Se eles contiverem dados binários brutos, provavelmente você tem um arquivo DER bruto.
(Às vezes vários certificados X.509 são empacotados em algum tipo de arquivo PKCS # 7, mas quase sempre tem um .p7b ou .pkcs7 ou algo semelhante à extensão.)