A taxa de amostragem padrão é definida no pulseaudio daemon.conf localizado em /etc/pulse , ou no caso de você precisar de configurações definidas pelo usuário em ~/.pulse . Descomente e edite a seguinte linha lá
default-sample-rate = 48000
As alterações entram em vigor após o reinício do servidor Pulseaudio (emitir pulseaudio -k em um terminal ou efetuar logout e retorno).