Mova seu script para fora de /etc/cron.daily
e adicione uma entrada diretamente em /etc/crontab
. Por exemplo, você poderia movê-lo para /usr/local/sbin/cron-apt
e depois adicionar essa entrada a /etc/crontab
:
0 5 * * * root /usr/local/sbin/cron-apt
Isso lhe dará um bom controle do tempo exato do seu trabalho também. O comando man 5 crontab
lhe dará mais informações sobre o formato crontab.