Isso apenas mostrará os metadados do título:
echo "$(avconv -i MyFile.mkv | grep '^\s*title\s*:' | sed 's/[[:space:]]*title[[:space:]]*:[[:space:]]//')"
E isso fará a conversão para o nome do arquivo que você deseja:
avconv -i MyFile.mkv -acodec copy "$(avconv -i MyFile.mkv | grep '^\s*title\s*:' | sed 's/[[:space:]]*title[[:space:]]*:[[:space:]]//').ac3"
Pelo menos aqui no meu OS X usando Bash, não tenho 100% de certeza se o sed difere significativamente no seu Ubuntu.