Você pode instalar o software em qualquer lugar (se você passar pela opção personalizada na maioria dos programas de instalação).
No entanto, você não será capaz de usar o aplicativo se a unidade não estiver conectada, isso parece óbvio ... mas se o aplicativo tiver adicionado alguma coisa à inicialização, talvez você veja problemas, por isso esteja ciente.
No seu caso, o Visual Studio deve estar bem.