É uma decisão de design: o Wubi tem a intenção de ser usado por usuários iniciantes do Ubuntu e deve ajudar a responder perguntas como "O Ubuntu é algo que eu posso usar?" sem ter que fazer qualquer formatação, criar partições ou qualquer outra instrução que possa potencialmente destruir seu sistema operacional usado anteriormente.
Se você deseja uma instalação completa com muito espaço livre e qualquer recurso que deseje, você terá que instalá-lo como uma inicialização múltipla (ou como um único sistema operacional removendo qualquer outro SO).