No PowerShell, faça isso:
cd MyFolder
Get-ChildItem -recurse -filter .DS_STORE | Remove-Item -WhatIf
Quando você especifica -WhatIf , o PowerShell não fará alterações. Em vez disso, ele dirá o que teria feito. Quando você está feliz com o que vai fazer, então você pode remover o -WhatIf . (Sempre vale a pena ter cuidado ao fazer uma exclusão recursiva. Você não quer excluir as coisas erradas.)