Se você puder ler os dados no cartão, a maneira mais simples de "limpar" os problemas existentes e aumentar a partição para preencher o cartão será fazer o backup de todos os arquivos no cartão, crie uma nova tabela de partições (usando o fdisk ou um editor de partições de nível superior), crie novas partições usando todo o espaço disponível, formate-as no sistema de arquivos escolhido e copie os dados de volta para o cartão.
Se você não puder ler os dados no cartão, será necessário começar com algo como fsck
para (esperançosamente) tornar-se capaz de ler os dados e prosseguir como acima. Se fsck
não recuperar o acesso ao sistema de arquivos, é possível que certos editores de partição (a versão GUI do GParted é um) possam "resgatar" os dados, mas isso provavelmente levará muito tempo, porque requer uma - leu a análise e a análise do padrão de bits brutos (tentei uma vez em um pendrive de 4 GB, ainda que em um computador muito antigo, e ele ainda estava funcionando sem nenhum indicador de progresso depois de duas horas).