Você pode realizar essa tarefa em algumas etapas:
AVISO: Faça um backup de todos os arquivos vdi / vdmk que você deseja compactar, caso haja algo errado durante o processo.
1. Use um aplicativo Android dentro do genymotion como "Secure Eraser" para Zero preencher o espaço livre para o vdi / vdmk correspondente (Use a opção 0000-0000 na lista suspensa)
Link Secure Eraser
2. Desligue o genymotion e clone o vdi / vmdk usando o comando follwong:
VBoxManage clonehd "arquivo" "novo arquivo"
em que arquivo e newfile são a origem e o destino vdi / vmdk
3. Como a etapa 2 criará um novo uuid para o vdi / vdmk clonado, será necessário definir o antigo uuid para a cópia clonada usando o seguinte comando
Comandos internos VBoxManage sethduuid "FILE" "UUID"
(onde o arquivo aponta para o vdi / vdmk clonado e o uuid é o uuid que você deseja definir.)